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Dans un avenir lointain, les humains font face à une menace extraterrestre appelée les « Doryphores », dont l'attaque a entraîné la mort de dix millions de personnes. Les forces armées deviennent cruciales, et le jeune prodige Ender est recruté dans une école de guerre spatiale en orbite autour de la Terre. Sous la direction stricte du colonel Graff, il se prépare à devenir un commandant militaire.
Graff a repéré le potentiel stratégique d'Ender et le suit attentivement, le considérant comme le futur leader qui pourrait conduire les humains à la victoire. Tout au long de sa formation, Ender passe des épreuves variées jusqu'à former sa propre équipe. Avec son équipe, il participe à un entraînement final basé sur des simulations virtuelles de batailles spatiales. La réussite de cet entraînement lui ouvrira la voie pour devenir le commandant de toute la flotte spatiale humaine.
La dernière simulation d'Ender se déroule près de la planète ennemie. Par le sacrifice de nombreux vaisseaux, il parvient à la détruire, pensant toujours qu'il s'agit d'une simulation. Après sa victoire, il découvre horrifié que cette bataille était réelle, et qu'il est responsable d'un « xénocide » en exterminant toute une espèce extraterrestre.
Choqué par ses actions, Ender décide de ne pas retourner sur Terre. Il découvre plus tard une larve d'alien sur l'avant-poste d'où il dirigeait la campagne. À sa grande horreur, il réalise que la guerre a débuté en raison d'un tragique malentendu : les Doryphores communiquent par télépathie, une forme de communication inconnue des humains. De plus, seules les reines Doryphores sont douées de raison et contrôlent mentalement les « ouvrières ». La mort des humains n'était pas dramatique pour eux.
Après avoir pris conscience de ces particularités, les reines Doryphores ont arrêté la colonisation, mais les humains ont contre-attaqué par crainte d'une nouvelle attaque. Ender, en réparation de son crime, décide d'utiliser son grade d'amiral pour explorer l'espace et trouver une nouvelle planète pour la larve, dans l'espoir de recréer l'espèce des Doryphores.